科學(xué)家開發(fā)一種通過小規(guī)模測序檢測癌癥DNA的新方法

癌癥患者的腫瘤細(xì)胞會(huì)釋放部分DNA片段到血液中，這些來自腫瘤組織的DNA片段會(huì)攜帶突變。在臨床樣本中發(fā)現(xiàn)罕見的DNA突變，對(duì)于生物醫(yī)學(xué)和診斷學(xué)等領(lǐng)域均有重要的意義。但精確地檢測低豐度DNA難度大，特別是在尋找癌癥治療后留下的少量腫瘤細(xì)胞方面(稱為“微小殘留病”，或MRD，minimal residual disease)，目前的技術(shù)需要通過大量測序才能找到。因此，亟需開發(fā)新的方法，提高檢測靈敏度，降低檢測成本。

近日，美國麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)在《Nature Biomedical Engineering》雜志上發(fā)表題為“Massively parallel enrichment of low-frequency alleles enables duplex sequencing at low depth”的文章，開發(fā)了一種名為“通過識(shí)別寡核苷酸富集次要等位基因測序”的新方法MAESTRO（minor allele enriched sequencing through recognition oligonucleotides），能以較小的測序規(guī)模，準(zhǔn)確、高效地從患者血液樣本中識(shí)別出數(shù)千個(gè)DNA突變，有望以更低的成本協(xié)助檢測患者體內(nèi)的殘存癌細(xì)胞，及時(shí)開展疾病復(fù)發(fā)監(jiān)測。

該研究中，研究人員首先對(duì)患者的腫瘤活檢進(jìn)行測序，了解突變的情況。根據(jù)突變信息，針對(duì)性的開發(fā)出僅與腫瘤相關(guān)的DNA序列結(jié)合的分子探針，用以富集血液樣本中游離的腫瘤相關(guān)DNA，優(yōu)化測序樣本，提升從血液樣本中識(shí)別出罕見癌癥突變的能力。

在檢測數(shù)百個(gè)低豐度突變的測試中，與傳統(tǒng)測序方法相比，MAESTRO方法在保證能發(fā)現(xiàn)大多數(shù)突變的同時(shí)，所需的資源更少。同時(shí)，MAESTRO方法還以較低的成本將搜索范圍擴(kuò)大到1萬個(gè)突變，極大地提高了檢測效率。研究團(tuán)隊(duì)利用MAESTRO方法，重新檢測分析一批傳統(tǒng)方法檢測過的患者樣本，從中檢出了更多的突變。MAESTRO方法在單一檢測方案中結(jié)合了深度和廣度的優(yōu)勢，使更早檢測MRD成為可能，甚至可能識(shí)別出血液中來自癌細(xì)胞的循環(huán)DNA。

論文鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41551-022-00855-9

注：此研究成果摘自《Nature Biomedical Engineering》雜志，文章內(nèi)容并不代表本網(wǎng)站的觀點(diǎn)和立場，僅供參考。

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